La calidad del agua del río Guadaíra depende, fundamentalmente, del régimen hidrológico y de las características de las aguas no alteradas del río, y del volumen y composición de los vertidos que se realizan en él.
El Guadaíra tiene un comportamiento típico de un río mediterráneo caracterizado por una fuerte estacionalidad. La distribución de caudales se concentra en los meses del invierno y dentro de éstos, presentan grandes oscilaciones respecto del caudal base, alcanzando valores que van desde los 100 l/s a menos de 2 l/s en cortos periodos de tiempo.
Las características de las aguas no alteradas dependen de la composición de los materiales del suelo por donde transcurren las escorrentías. Así en cabecera, las aguas trascurren por suelos salinos (evaporitas), comunicando un alto contenido en sales, que se refleja en la toponímia de los arroyos que desembocan en él: Arroyo Salado, Saladillo y Salado de Mairena.
El volumen y la composición de los vertidos al río Guadaíra ha pasado de estar marcado por las aguas residuales urbanas sin depurar de los municipios de Morón, Paradas, Arahal, Mairena y El Viso del Alcor, y por los aproximadamente 300.000 m³ (mts3) anuales que generaba la industria del aderezo, a estarlo por estas mismas aguas residuales pero ya depuradas disminuyendo también drásticamente la contribución por los vertidos de la industria de aderezo al ser desviados éstos residuos líquidos a las balsas de evaporación. Todo ello se ha dejado sentir en los valores de los parámetros que miden la calidad del agua del río.
La situación actual de la calidad del agua del río Guadaíra ha dado un vuelco espectacular desde la entrada en funcionamiento de las instalaciones de depuración construidas en los últimos años. El Guadaíra ha tenido fama de ser unos de los ríos mas contaminados de España, los vertidos de las aguas residuales sin depurar de los municipios que se ubican en su cuenca, y los vertidos de la industria del aderezo estaban en la base de esta situación. En la actualidad, cuando se han terminado de instalar todas las depuradoras en cada uno de los municipios que vierten en su cuenca, y se han segregado los vertidos de la industria del aderezo llevándolos a las balsas de evaporación construidas por los empresarios del sector, la calidad del agua del río Guadaíra muestra unos valores que están muy próximos a cumplir los valores establecidos para el mantenimiento de la vida piscícola,( Real Decreto 927/1988, de 29 de julio ANEXO III), como así se deduce de los valores de carga orgánica DBO5, rondando los 6 mg de O2, el oxigeno disuelto cercano a los 4 mg/l, y el pH que se mantiene siempre entre 6 y 9 uds. Esta tendencia es la que se viene observando desde el pasado mes de agosto de 2.008, fecha en la que entra en funcionamiento la EDAR de Morón. No obstante, hay que considerar que todavía no ha pasado un año desde la entrada en funcionamiento de esta infraestructura, periodo de tiempo necesario para poder evaluar si los parámetros que miden la calidad cumplen las condiciones para el mantenimiento de la vida piscícola
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